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Gemeinsam mit Studienfreunden war Petra Müllejans 1987 maßgebliche Mitgründerin des Freiburger Barockorchesters, dessen musikalische Leitung sie gemeinsam mit Gottfried von der Goltz bis 2016 innehatte. Seitdem ist sie weiterhin Ensemblemitglied und spielt aber vor allem sehr viel Kammermusik.
Petra Müllejans ist die Ausbildung junger Musiker/ innen eine besondere Herzensangelegenheit und sie unterrichtet an der Musikhochschule in Frankfurt mit Leidenschaft und Begeisterung.
Seit 2020 leitet sie das Barockensemble der Höri Musiktage und begeistert mit den Konzerten des Ensemble das Publikum auf der Höri.